OMI-SPEC-100 — Model dokumentu
Stav
Návrh
Verze: 0.1.0
Starší identifikátor: OMI-SPEC-001
Účel
Projekt „Open Manuscript Initiative“ (OMI) definuje sémantický model dokumentu navržený speciálně pro vědeckou komunikaci.
Na rozdíl od tradičních textových editorů odděluje jazyk OMI vědecký význam od vizuální prezentace. Autoři popisují co daná informace vyjadřuje, nikoli jak by měla vypadat.
Model dokumentu slouží jako společný základ pro tvorbu, recenzní řízení, publikování, uchovávání a automatizované zpracování.
Zásady návrhu
Model dokumentu je založen na následujících principech:
- Nejprve sémantika
- Nezávislé na platformě
- Čitelné pro člověka
- Lze zpracovat strojově
- Rozšiřitelné
- Kompatibilní
- Přístupné
- S dlouhou trvanlivostí
Vrstvená architektura
Dokumentový model „OMI“ se skládá z několika vrstev.
┌──────────────────────────────────────────────┐
│ Discipline Profiles │
├──────────────────────────────────────────────┤
│ Scholarly Objects │
├──────────────────────────────────────────────┤
│ Core Document Model │
└──────────────────────────────────────────────┘
Základní model dokumentu zůstává ve všech oborech neměnný.
Vyšší vrstvy rozšiřují základní specifikaci, nikdy ji však nenahrazují.
Základní model dokumentu
Každý rukopis v systému „OMI“ obsahuje společnou sadu sémantických objektů.
Metadata
- Název
- Podtitul
- Autoři
- Členství
- ORCID
- Abstrakt
- Klíčová slova
- Jazyk
- Licence
- Financování
- Trvalé identifikátory
Struktura dokumentu
- Oddíl
- Pododdíl
- Odstavec
- Citát
- Seznam
- Obrázek
- Tabulka
- Popisek
- Rovnice
- Příloha
Vědecké objekty
- Citace
- Seznam literatury
- Poznámka pod čarou
- Závěrečná poznámka
- Odkaz
- Datový soubor
- Software
- Doplňkový materiál
- Komentář k recenzi
- Anotace
Profily oborů
Různé vědecké obory vyžadují specializované sémantické objekty.
OMI rozšiřuje základní dokumentový model o profily oborů.
Profil přidává nové typy objektů, pravidla ověřování, metadata a chování při exportu, aniž by docházelo ke změnám v základním modelu dokumentu.
Mezi příklady patří:
- Historie
- Teologie
- Lingvistika
- Matematika
- Fyzika
- Chemie
- Biologie
- Medicína
- Informatika
- Inženýrství
- Ekonomika
- Právo
Příklad: Profil historie
Profil „Historie“ představuje oborově specifické sémantické objekty, jako například:
- Archivní zdroj
- Historická osobnost
- Historické místo
- Historická událost
- Zdroj rukopisu
- Souhrn
- Kritický aparát
- Diplomatický přepis
Příklad: Profil matematiky
Profil „Matematika“ rozšiřuje tento model o:
- Definice
- Axiom
- Věta
- Lema
- Důsledek
- Důkaz
- Vzorec
- Registr symbolů
Příklad: Profil s fyzikou
Mezi další sémantické objekty patří:
- Rovnice
- Fyzikální konstanta
- Měření
- Jednotka
- Nástroj
- Experiment
- Simulace
Příklad: Profil chemie
Mezi další sémantické objekty patří:
- Molekula
- Sloučenina
- Reaction
- Krystalová struktura
- Spektrum
- Chemický vzorec
Příklad: Profil biologie
Mezi další sémantické objekty patří:
- Druh
- Taxonomické zařazení
- Gen
- Bílkovina
- Sekvence DNA
- Vzorek
Příklad: Profil léku
Mezi další sémantické objekty patří:
- Klinická studie
- Skupina pacientů
- Zásah
- Výsledek
- Schválení etickou komisí
- Kontrolní seznam CONSORT
Více profilů
Vědecký výzkum má stále více mezioborový charakter.
Rukopis v rámci programu „OMI“ proto může současně využívat více oborových profilů.
Příklad:
History
+ Computer Science
+ Linguistics
nebo
Biology
+ Computer Science
+ Statistics
Každý profil přidává další sémantické objekty, přičemž zůstává plně kompatibilní s jádrovým dokumentovým modelem.
Architektura pluginů
Profily disciplín jsou implementovány jako pluginy.
OMI Core
│
├── History Profile
├── Mathematics Profile
├── Physics Profile
├── Medicine Profile
├── Law Profile
└── Custom Profile
Každý plugin může definovat:
- další sémantické objekty
- metadata
- validační pravidla
- exportní mapování
- rozšíření uživatelského rozhraní
aniž by došlo ke změnám v jádru OMI.
Objektově orientovaný model
Rukopis v jazyce „OMI“ se skládá ze sémantických objektů.
Document
│
├── Metadata
├── Sections
├── Paragraphs
├── Figures
├── Tables
├── Citations
├── Bibliography
├── Annotations
├── Review Layer
└── Discipline Objects
Každý objekt má:
- jedinečný identifikátor
- sémantický typ
- metadata
- vztahy
- historie verzí
Sémantické vztahy
Objekty mohou navzájem odkazovat.
Mezi příklady patří:
- odkaz → záznam v bibliografii
- obrázek → popisek
- věta → důkaz
- archivní zdroj → úložiště
- osoba → ORCID
- dataset → DOI
Vztahy jsou explicitní a strojově čitelné.
Rozšiřitelnost
Model dokumentu je navržen s ohledem na dlouhodobý vývoj.
V budoucích verzích mohou být zavedeny další typy objektů, aniž by došlo k narušení stávajících rukopisů.
Zpětná kompatibilita je základním požadavkem na návrh.
Budoucí práce
Budoucí specifikace budou definovat:
- Model anotace
- Model pro kontrolu
- Šablona citace
- Model metadat
- Vydavatelský model
- Plugin API
- Specifikace formátu souboru
Historie změn
- 0.1.0 — Přeneseno z dočasné adresy
OMI-SPEC-001na oficiální adresuOMI-SPEC-100.
Shrnutí
Dokumentový model „OMI“ je navržen tak, aby zachycoval vědecké poznatky, nikoli formátované dokumenty.
Díky stabilnímu základnímu dokumentovému modelu v kombinaci s rozšiřitelnými oborovými profily dokáže platforma „OMI“ podporovat všechny vědecké obory a zároveň zachovávat interoperabilitu, přenositelnost a dlouhodobou udržitelnost.