OMI Balíček pro přípravu na získání grantu

Tento dokument obsahuje materiály, které lze opakovaně využít při přípravě návrhů v oblasti výzkumu, inovací a infrastruktury v rámci programu „Open Manuscript Initiative“ (OMI). Slouží jako výchozí bod pro diskuse v rámci konsorcia a pro vypracování návrhů; podmínky způsobilosti, terminologie, požadavky na úroveň technologické zralosti (TRL), rozpočty a právní závazky specifické pro daný program je vždy nutné ověřit podle příslušné výzvy k podávání návrhů.

1. Shrnutí projektu

Open Manuscript Initiative (OMI) je open-source iniciativa zaměřená na interoperabilitu při tvorbě, recenzování, úpravách a vydávání vědeckých textů. Jejím hlavním cílem je oddělit vědecký rukopis od proprietárních aplikací a produkčních formátů, aby se strukturovaný vědecký obsah mohl přenášet mezi nástroji pro tvorbu, systémy recenzního řízení, vydavatelskými platformami a pracovními postupy pro uchovávání bez nutnosti opakované ruční rekonstrukce.

Tato iniciativa kombinuje otevřené specifikace s implementačním prostředím Open Manuscript Studio, které je určeno pro použití v prohlížečích, na stolních počítačích i v mobilních zařízeních. Studio je vyvíjeno jako praktická ukázka dokumentového modelu a přístupu k interoperabilitě, který je popsán v dokumentu „OMI“ (Základní principy a přístup k interoperabilitě v oblasti vědeckého publikování), včetně strukturovaných rukopisů, metadat, anotací, odkazů, stylů publikování, profilů vydavatelů, recenzního řízení, vícejazyčných pracovních postupů a integrace s publikačními platformami.

Stručný popis návrhu:

OMI vyvíjí otevřenou, interoperabilní infrastrukturu pro vědecké rukopisy, která pokrývá celý životní cyklus od vytvoření až po publikaci. Kombinuje model vědeckého dokumentu nezávislý na konkrétní aplikaci s otevřeným, multiplatformním nástrojem Studio a integračními rozhraními pro systémy časopisů, monografií, identit, metadat a výzkumných informací.

2. Formulace problému

Vědecké rukopisy často procházejí nesourodými systémy a proprietárními formáty. Autoři píší v jednom prostředí, předkládají své práce v jiném, recenzenti vkládají poznámky do další verze, redaktoři přebudovávají strukturu a metadata a vydavatelé tento stejný intelektuální objekt znovu upravují pro účely produkce a šíření.

Tato roztříštěnost s sebou nese zbytečné náklady a rizika:

• opakované převody a ruční restrukturalizace;
• ztráta nebo zhoršení sémantických informací při změně formátu;
• závislost na dodavateli a aplikaci;
• duplicitní záznam metadat;
• slabá interoperabilita mezi systémy pro tvorbu, recenzování a publikování;
• překážky vícejazyčné a přístupné vědecké komunikace;
• potíže s uchováním poznámek, odkazů a strukturovaných vztahů;
• vysoké náklady na integraci pro časopisy, vydavatele a výzkumné instituce.

OMI řeší tento problém již na úrovni rukopisu: vytvořte strukturu jednou a využijte ji v celém vědeckém pracovním postupu.

3. Navrhované řešení

OMI spojuje čtyři vzájemně se doplňující vrstvy:

1. Otevřené vědecké modely a specifikace pro dokumenty, odkazy, anotace, metadata a související vědecké objekty.
2. Open Manuscript Studio, referenční implementace pro tvorbu, úpravy, recenzování a publikování strukturovaných rukopisů.
3. Profily interoperability a konektory pro publikační a výzkumnou infrastrukturu, včetně pracovních postupů zaměřených na OJS/OMPa integrací s trvalou identitou.
4. Opakovaně použitelné pracovní postupy pro publikace a institucionální procesy, včetně stylů publikací, profilů vydavatelů, exportu, správy a nasazení napříč platformami.

Projekt se záměrně neomezuje pouze na nahrazení textového editoru. Jeho hodnota z hlediska výzkumné infrastruktury spočívá v uchování přenositelného vědeckého objektu napříč organizačními a technickými hranicemi.

4. Aktuální splatnost a doklady

OMI již disponuje funkčním softwarem a veřejně dostupnou technickou dokumentací. Současné práce na implementaci zahrnují:

• Studio založené na prohlížeči;
• balení pro stolní počítače;
• Pracovní postup v aplikaci pro Android;
• ověřeno, že cíle pro nativní iOS/iPadOS a integrace s aplikací Soubory fungují;
• strukturovaná úprava rukopisu;
• úprava více dokumentů a obsah dokumentu;
• optimalizovaný import rozsáhlých rukopisů z webu DOCX;
• vygenerované seznamy dokumentů a rejstříky;
• opakovaně použitelné styly publikací a profily vydavatelů;
• Import sady stylů „IDML“ z aplikace Adobe InDesign;
• export v formátech zaměřených na styl: PDF, HTML a CSS;
• pracovní postupy v oblasti lokálního a cloudového úložiště;
• infrastruktura pro správu účtů, obnovení hesla a federované přihlášení;
• pracovní postupy dvojitě zaslepeného recenzního řízení;
• OJS/ práce na integraci službyOMP;
• ORCID-orientované pracovní postupy pro identitu a podpisy;
• práce v oblasti pravopisu, gramatiky, překladu a integrace agentů;
• profily institucí a administrativní složky;
• infrastruktura pro vícejazyčné uživatelské rozhraní.

Prohlášení o splatnosti

OMI by měl být v současné době prezentován jako funkční open-source demonstrátor ve fázi alfa/beta, nikoli jako plně vyspělá výzkumná infrastruktura připravená k nasazení do produkčního prostředí. Formální úroveň technologické připravenosti (TRL) by měla být přiřazena pouze v rámci financovacího programu, jehož definice TRL a požadavky na doklady byly podrobeny přezkoumání.

Toto rozlišení je užitečné v návrzích: „OMI“ je dostatečně zaveden pro pilotní projekty, integrační experimenty a ověřování, zatímco rozsáhlý výzkum, posilování bezpečnosti, standardizace a práce na institucionálním zavádění zůstávají vhodnými oblastmi pro financovaný vývoj.

5. Rozměry výzkumu a inovací

Mezi možné otázky v oblasti výzkumu a inovací patří:

• Jak může vědecký rukopis zůstat sémanticky stabilní při přechodu mezi různorodými prostředími pro tvorbu a publikování?
• Který minimální interoperabilní model dokáže zachytit strukturu vědeckých textů, aniž by autorům vnucoval sémantiku tvorby specifickou pro jednotlivé vydavatele?
• Jak lze zajistit, aby anotace, komentáře z revizí a informace o původu zůstaly zachovány při přenosu mezi nezávislými systémy?
• Jak lze zajistit, aby trvalé identifikátory a výzkumná metadata byly nedílnou součástí samotného procesu tvorby obsahu, a nikoli pouze dodatečným obohacením po zveřejnění?
• Jak mohou vícejazyčné vědecké pracovní postupy sdílet společnou strukturu a zároveň zachovat jazykově specifická metadata a způsob prezentace?
• Jak lze oddělit styl publikačního formátování od sémantiky rukopisu a přitom zajistit profesionální výsledek produkce?
• Jak může otevřená vědecká infrastruktura omezit závislost na dodavateli, aniž by se tím zvýšila složitost pro výzkumné pracovníky?

6. Očekávaný dopad

Vědci a autoři

• méně opakovaného zadávání metadat a úprav formátu;
• přenosnost rukopisů napříč nástroji a vydavateli;
• lepší návaznost mezi psaním, recenzním řízením a publikací;
• lepší podpora vícejazyčné a strukturované vědecké komunikace.

Časopisy, nakladatelství a vědecké společnosti

• snížení nákladů na konverzi a výrobu;
• opakovaně použitelné styly a profily publikací;
• integrace se stávajícími publikačními platformami namísto jejich povinné výměny;
• strukturovanější vstupní data pro následnou publikaci a uchovávání.

Univerzity, knihovny a výzkumné infrastruktury

• větší institucionální kontrola nad vědeckým obsahem;
• snížená závislost na proprietárních ekosystémech pro tvorbu obsahu;
• opětovně použitelná infrastruktura založená na otevřeném zdrojovém kódu;
• lepší možnosti integrace úložišť, metadat, identifikátorů a uchovávání.

Ekosystém otevřené vědy

• vědecké objekty zpracovatelné strojem již v ranější fázi výzkumného cyklu;
• lepší interoperabilita mezi jinak izolovanými službami;
• opakovaně použitelné specifikace a referenční implementace;
• praktické prostředí pro testování nových pracovních postupů v oblasti vědecké komunikace.

7. Hledáme profily partnerů

Vyvážené konsorcium by mohlo zahrnovat několik z následujících typů partnerů:

Typ partnera	Možný přínos
Univerzita / výzkumná instituce	požadavky na výzkumné pracovníky, pilotní projekty, hodnocení, koordinace výzkumu
Univerzitní nebo národní knihovna	metadata, uchovávání, interoperabilita repozitářů, odborné znalosti v oblasti otevřené vědy
Vydavatelství odborné literatury / časopis	produkční procesy, redakční kontrola, pilotní projekty v oblasti publikování
Vědecká společnost	příklady využití v jednotlivých oborech, zapojení komunity, šíření poznatků
Výzkumná infrastruktura / služby související s EOSC	federace, interoperabilita, integrace služeb
Software / Skupina RSE	vývoj, bezpečnost, škálovatelnost, nasazení
Partner v oblasti výzkumu přístupnosti a uživatelského zážitku (UX)	inkluzivní design a hodnocení
Výzkumná skupina pro NLP a vícejazyčnost	jazykové technologie, terminologie, překladatelské procesy
Partner v oblasti infrastruktury PID a metadat	ORCID/ROR/DOI a interoperabilita metadat
Organizace zabývající se udržitelností v oblasti open source	správa, komunita a dlouhodobá udržitelnost

Návrh nemusí zahrnovat všechny tyto role. Jeho struktura by měla odpovídat cílům výzvy.

8. Model opakovaně použitelných pracovních balíčků

WP1 — Koordinace, řízení a požadavky

Cíle: řízení projektů, správa, požadavky, koordinace v oblasti etiky a práva a slaďování zájmů zainteresovaných stran.

Orientační výstupy: rámec pro správu a řízení; základní požadavky; registr rizik; zásady týkající se dat, duševního vlastnictví a otevřeného zdrojového kódu.

WP2 — Vědecký objektový model a interoperabilita

Cíle: upřesnit specifikace protokolu OMI; definovat smlouvy o výměně; ověřit sémantiku obousměrného přenosu a původ dat.

Orientační výstupy: specifikace s verzemi; profily interoperability; příklady shody; sada validačních testů.

WP3 — Open Manuscript Studio a referenční implementace

Cíle: posílit multiplatformní Studio; zlepšit pracovní postupy v oblasti tvorby obsahu, revize, metadat a přístupnosti.

Orientační výstupy: verze zaměřené na produkční prostředí; vylepšení přístupnosti; testovací infrastruktura; technická dokumentace.

WP4 — Vydavatelská činnost a integrace výzkumné infrastruktury

Cíle: propojit pracovní postupy systému OMI s infrastrukturou pro publikování, správu identit, metadat a úložišť.

Příklady výstupů: integrace s OJSaOMP; konektory PID a metadat; API; dokumentace k integraci.

WP5 — Pilotní projekty na institucionální úrovni a hodnocení

Cíle: realizovat reprezentativní pilotní projekty ve spolupráci s časopisy, nakladatelstvími, knihovnami nebo univerzitami; posoudit použitelnost a interoperabilitu.

Očekávané výstupy: pilotní nasazení; hodnotící datové soubory/zprávy; srovnávací analýzy pracovních postupů; doporučení.

WP6 — Udržitelnost, využití a komunita

Cíle: vytvořit udržitelný model založený na otevřeném zdrojovém kódu, cesty pro přispěvatele, strategii zavádění a plán údržby po ukončení projektu.

Orientační výstupy: plán udržitelnosti; plán zavádění a využívání; školicí materiály; komunitní program; výstupy zaměřené na šíření informací.

9. Příklad rozčlenění úkolu

Středně velké konsorcium může práci dále rozdělit na jednotlivé úkoly, jako jsou například:

• T2.1 zdokonalení rukopisu a modelu anotací;
• T2.2 profily metadat a trvalých identifikátorů;
• Sada testů interoperability a shody T2.3;
• T3.1 Zabezpečení aplikace Studio napříč platformami;
• T3.2 přístupnost a vícejazyčné uživatelské prostředí;
• T3.3 strukturované styly importu/exportu a publikace;
• T4.1 Integrace OJS/OMP;
• T4.2 integrace repozitáře a informací z výzkumu;
• T4.3 služby pro ověřování identity/PID;
• Pilotní projekt vydávání časopisu T5.1;
• T5.2 pilotní projekt institucionálního tvorby obsahu;
• T5.3 hodnocení použitelnosti a dopadu;
• T6.1 správa open-source projektů;
• T6.2 zavedení a školení;
• T6.3 Udržitelnost a využívání.

10. Levnější model

Žádný rozpočet nezávislý na programu by neměl být považován za závazný. Pro účely raného plánování v rámci konsorcia lze náklady související s OMIrozdělit do následujících kategorií:

• personál / osoboměsíce na vývoj výzkumného softwaru;
• práce v oblasti interoperability a specifikací;
• koordinace projektu a technická koordinace;
• Hodnocení uživatelského zážitku (UX), přístupnosti a vícejazyčnosti;
• infrastruktura, hosting, CI/CD a testování;
• podepisování kódu a distribuce na různých platformách;
• zkušební zavedení a podpora;
• cesty a zasedání konsorcia, pokud jsou oprávněné;
• šíření informací, školení a komunitní činnost;
• externí audity, posouzení bezpečnosti nebo odborné služby, je-li to odůvodněné.

Orientační rozložení úsilí

V případě technického pracovního proudu zaměřeného na „OMI“ by počáteční plánovací poměr mohl být rozdělen přibližně takto:

• 35–45 % realizace a technické práce;
• 15–20 % práce v oblasti interoperability a specifikací;
• 15–20 % pilotní projekty, ověřování a hodnocení;
• 10–15 % koordinace, řízení a zajišťování kvality;
• 10–15 % na udržitelnost, šíření informací, školení a budování komunity.

Tyto procentní podíly slouží pouze jako orientační vodítko pro plánování a je třeba je přizpůsobit pravidlům financování a struktuře konsorcia.

11. Udržitelnost a popis těžby

Model využívání OMI by neměl záviset na výhradní kontrole nad formátem rukopisu. Udržitelnost lze naopak dosáhnout kombinací následujících prvků:

• jádrový software s otevřeným zdrojovým kódem a otevřené specifikace;
• institucionální přijetí a společný vývoj;
• financované výzkumné a inovační projekty;
• sponzorství a podpora ze strany komunity;
• služby v oblasti implementace, integrace, hostingu nebo podpory poskytované účastníky ekosystému;
• zdroje pro školení a nasazení, které lze opakovaně využívat;
• rozšiřující se síť vzájemně kompatibilních vydavatelských a výzkumných služeb.

Hlavním využitelným výsledkem je tedy otevřená vrstva pro interoperabilitu a referenční implementace, která snižuje náklady na integraci a migraci v rámci celého ekosystému vědeckého publikování.

12. Pozice v oblasti otevřené vědy, práv duševního vlastnictví a správy dat

Návrh by měl tyto body smluvně vymezit, avšak společnost „OMI“ upřednostňuje následující základní podmínky:

• licencování open source pro opakovaně použitelný základní software;
• veřejně dostupné specifikace interoperability;
• transparentní pravidla pro příspěvky a správu;
• jasné oddělení otevřených specifikací od konfigurace specifické pro danou instituci;
• není vyžadováno zveřejňování důvěrných rukopisů ani údajů z recenzního řízení;
• minimalizace objemu dat a náležitá kontrola přístupu v rámci služeb souvisejících s rukopisy a recenzemi;
• možnost exportu a přenositelnost vědeckého obsahu;
• zachování provenience tam, kde to pracovní postupy vyžadují.

U každého financovaného projektu je nutné přesně specifikovat licence, duševní vlastnictví v pozadí a v popředí, role správců údajů a práva konsorcia.

13. Orientační klíčové ukazatele výkonnosti (KPI)

V závislosti na konkrétním případu by mezi měřitelné ukazatele mohly patřit:

• počet pilotních projektů v institucích;
• počet ověřených pracovních postupů časopisů/vydavatelů;
• počet podporovaných profilů pro propojení a integraci;
• věrnost v obou směrech vzhledem k definovaným případům shody;
• snížení počtu ručních zadávání metadat nebo výrobních kroků;
• zlepšení souladu s pravidly přístupnosti;
• počet podporovaných jazyků rozhraní;
• aktivní externí přispěvatelé;
• následné integrace nebo nasazení;
• účastníci školení a využívání dokumentace;
• vydání softwaru a veřejně dostupné technické výstupy;
• institucionální závazky po ukončení projektu.

Pro klíčové ukazatele výkonnosti (KPI) by měly být stanoveny výchozí hodnoty a cílové hodnoty až poté, co budou známy výsledky pilotních projektů konsorcia a očekávané výsledky výzvy.

14. Úvod do registru rizik

Riziko	Směr zmírnění
Rozsah je příliš široký	Definujte minimální interoperabilní jádro a pilotní projekty zaměřené na konkrétní volání
Pracovní postupy jednotlivých vydavatelů se výrazně liší	Používejte profily a adaptéry namísto pevného zakódování jediného pracovního postupu
Starší formáty ztrácejí sémantiku	Testy shody, explicitní chování při použití náhradního řešení a původ
Zavádění na institucionální úrovni postupuje pomalu	Společný návrh s partnery v pilotních projektech a integrace stávajících platforem
Údržba open-source projektů po získání financování	Správa, diverzifikované financování a společná institucionální údržba
Otázky bezpečnosti a ochrany soukromí v souvislosti s rukopisy	Modelování hrozeb, řízení přístupu, minimalizace údajů a audity
Problémy s vydáváním specifické pro jednotlivé platformy	Automatizované procesy CI/CD a práce související s explicitním podepisováním a distribucí

15. Jednoodstavcová prezentace konsorcia

Projekt „Open Manuscript Initiative“ nabízí funkční open-source základnu pro zajištění přenositelnosti vědeckých rukopisů napříč systémy pro tvorbu, recenzní řízení a publikování. Namísto vytváření dalšího izolovaného editoru či publikační platformy se projekt „OMI“ zaměřuje na interoperabilní vědecký objekt, který tyto systémy propojuje. Konsorcium může využít stávající specifikace Open Manuscript Studio a OMI jako demonstrační příklad, rozšířit je prostřednictvím výzkumu a integračních prací a ověřit výsledky ve spolupráci s univerzitami, knihovnami, časopisy, vydavateli a výzkumnými infrastrukturami. Výsledné otevřené komponenty mohou omezit nutnost převodu formátů, duplikaci metadat a závislost na konkrétním dodavateli a zároveň posílit vícejazyčnou, přístupnou a strojově zpracovatelnou vědeckou komunikaci.

16. Dvouvětá verze určená pro oslovování partnerů

Open Manuscript Initiative hledá výzkumné a institucionální partnery pro projekty zaměřené na interoperabilní infrastrukturu pro vědecké psaní a publikování. Projekt „OMI“ již poskytuje open-source multiplatformní demonstrační verzi a řešení pro integraci publikování, které mohou sloužit jako technický základ pro pilotní projekty v oblastech otevřené vědy, vědecké komunikace, metadat, recenzního řízení, vícejazyčného publikování a udržitelnosti výzkumného softwaru.

17. Informace, které je třeba znát před podáním návrhu

Než jakýkoli návrh začne tento balíček používat, ověřte:

1. přesný program, název a téma;
2. způsobilost žadatele a konsorcia;
3. očekávané výsledky, rozsah a povinné činnosti;
4. TRL nebo případné požadavky na vyspělost;
5. sazba financování a model způsobilých nákladů;
6. požadavky na složení konsorcia;
7. povinnosti v oblasti otevřené vědy a správy dat;
8. bezpečnost, etika a dopady na osobní údaje;
9. Práva duševního vlastnictví a licenční povinnosti;
10. termín pro podání přihlášek a kritéria hodnocení;
11. OMI právní a finanční struktura účastníků;
12. reálné počty osoboměsíců, závazky v rámci pilotního projektu a měřitelné cíle.

18. Veřejné zdroje

• Open Manuscript Initiative website
• Open Manuscript Studio
• Funding & Partnerships
• Support OMI
• Implementation status

---

Stav dokumentu: základní šablona pro přípravu žádostí o grant, kterou lze opakovaně použít. Tento balíček aktualizujte, jakmile projekt „OMI“ dosáhne nových milníků v oblasti vydávání nových verzí, správy, nasazení a přijetí institucemi.