Přejít na hlavní obsah

OMI Mapa architektury

Stav: Návrh

Verze: 0.2

Poslední aktualizace: 5. září 2026 Stabilita: Experimentální

Abstrakt​

Open Manuscript Initiative poskytuje otevřenou sémantickou architekturu pro celý životní cyklus vědeckých rukopisů.

OMI odděluje vědecký obsah od softwaru, prezentace, pracovních postupů a institucionální infrastruktury. Jeho specifikace definují interoperabilní modely pro rukopisy, vědecké objekty, odkazy, anotace, metadata, recenzní řízení, publikování a strojově podporovanou vědeckou práci.

Tento dokument představuje obecnou architekturu systému OMI a popisuje, jak spolu souvisejí jeho hlavní specifikace a implementační vrstvy.

1. Architektonický přehled​

Architektura systému „OMI“ je rozdělena do pěti hlavních vrstev:

┌─────────────────────────────────────────────────────────┐
│                 Application Layer                       │
│                                                         │
│       OMI Studio · Publisher Systems · OJS · Tools       │
├─────────────────────────────────────────────────────────┤
│                  Workflow Layer                         │
│                                                         │
│   Review · Collaboration · Versioning · Publishing      │
├─────────────────────────────────────────────────────────┤
│              Semantic Relationship Layer                │
│                                                         │
│       Anchors · Annotations · Citations · Provenance     │
├─────────────────────────────────────────────────────────┤
│                Scholarly Object Layer                   │
│                                                         │
│  Manuscript · Section · Paragraph · Figure · Table      │
│  Equation · Reference · Dataset · Supplementary Object  │
├─────────────────────────────────────────────────────────┤
│                  Foundation Layer                       │
│                                                         │
│        Core Principles · Identity · Portability         │
│        Extensibility · Preservation · Interoperability  │
└─────────────────────────────────────────────────────────┘

Každá vrstva závisí na vrstvách pod ní.

Konkrétní implementace aplikací se mohou lišit, ale sémantické modely zůstávají neměnné.

2. Základní architektonický princip​

OMI považuje rukopis nejen za formátovaný dokument, ale za strukturovaný graf vědeckých objektů a sémantických vztahů.

Scholarly Object
      │
      ├── has identity
      ├── has type
      ├── may contain other objects
      ├── may be targeted by anchors
      └── may participate in semantic relationships

Rukopis je tedy znázorněn takto:

Objects + Relationships + Metadata + Provenance

Prezentace se generuje z této kanonické reprezentace.

3. Kanonický rukopis​

Kanonický rukopis obsahuje autoritativní odborný obsah a strukturu.

Canonical Manuscript
│
├── Metadata
├── Contributors
├── Sections
│   ├── Headings
│   ├── Paragraphs
│   ├── Figures
│   ├── Tables
│   ├── Equations
│   └── Other scholarly objects
├── References
├── Notes
├── Annotations
├── Provenance
└── Workflow references

Kanonický rukopis je nezávislý na:

  • velikost stránky;
  • typografie;
  • šablony vydavatelů;
  • textový editor;
  • výstupní formát;
  • renderovací engine;
  • redakční platforma.

PDF, HTML, DOCX, EPUB, JATS, XML a další formáty publikací jsou odvozenými reprezentacemi.

4. Mapa závislostí specifikací​

Hlavní specifikace souboru OMI tvoří následující strukturu závislostí:

OMI-SPEC-000
Core Principles
      │
      ▼
OMI-SPEC-120
Scholarly Object Model
      │
      ├──────────────────────────────┐
      ▼                              ▼
OMI-SPEC-100                   OMI-SPEC-140
Document Model                 Metadata Model
      │
      ▼
OMI-SPEC-110
Anchor Model
      │
      ▼
OMI-SPEC-130
Annotation Model
      │
      ├───────────────┬────────────────┬────────────────┐
      ▼               ▼                ▼                ▼
Review Model     Citation Model   AI Assistance    Publishing Model

Základní principy definují architektonická omezení.

Model vědeckých objektů definuje, co vše může existovat v ekosystému OMI.

Dokumentový model seskupuje vědecké objekty do rukopisů.

Model Anchor identifikuje stabilní cíle.

Model anotací definuje sémantické vztahy přiřazené k těmto cílům.

Specifikace pracovních postupů a interoperability vycházejí z těchto základů.

5. Podkladová vrstva

5.1 Základní zásady​

OMI-SPEC-000 — Základní principy definuje architektonickou strukturu OMI.

Mezi jeho hlavní pravidla patří:

  • obsah je kanonický;
  • sémantika má přednost před formátováním;
  • vědecké objekty mají stabilní identitu;
  • vztahy jsou data prvního řádu;
  • zobrazení závisí na rendereru;
  • identita a obsah jsou dvě odlišné věci;
  • implementace zůstávají nezávislé na dodavateli;
  • Zachování je hlavním cílem návrhu.

Každá specifikace OMI by MĚLA být v souladu s těmito zásadami.

5.2 Vědecký objektový model​

OMI-SPEC-120 — Scholarly Object Model definuje společnou abstrakci, kterou sdílejí všechny významné entity.

Mezi příklady patří:

  • rukopisy;
  • sekce;
  • odstavce;
  • nadpisy;
  • čísla;
  • tabulky;
  • rovnice;
  • odkazy;
  • bibliografické záznamy;
  • poznámky;
  • recenze;
  • datové sady;
  • doplňkové materiály;
  • autoři a spolupracovníci.

Vědecký objekt musí obsahovat alespoň:

{
  "id": "object-123",
  "type": "paragraph"
}

Další vlastnosti závisí na typu objektu.

6. Vrstva základního modelu

6.1 Model dokumentu​

OMI-SPEC-100 — Model dokumentu definuje strukturální uspořádání rukopisu.

Popisuje:

  • vlastnosti na úrovni rukopisu;
  • sekce a hierarchická struktura;
  • bloky obsahu;
  • obsah v textu;
  • odkazy na externí vědecké zdroje;
  • vztahy mezi jednotlivými částmi dokumentu.

Model dokumentu nedefinuje vizuální vzhled.

6.2 Model kotvy​

OMI-SPEC-110 — Anchor Model definuje stabilní odkazy na vědecké objekty nebo na vybrané části v nich.

Kotva může odkazovat na:

  • celý rukopis;
  • oddíl;
  • odstavec;
  • oblast textu v textu;
  • číslo;
  • oblast obrázku;
  • tabulka;
  • buňka tabulky;
  • rovnice;
  • odkaz;
  • bibliografický záznam;
  • metadata;
  • externí zdroj.
Anchor
  │
  ▼
Stable target within a scholarly object

Kotvy zajišťují, že poznámky a vztahy zůstanou zachovány i po úpravách, restrukturalizaci a novém vykreslení.

6.3 Model anotací​

OMI-SPEC-130 — Annotation Model definuje anotace jako plnohodnotné vědecké objekty.

Annotation
    │
    ├── type
    ├── body
    ├── creator or actor reference
    ├── visibility
    ├── provenance
    └── target
            │
            ▼
          Anchor

Anotace mohou představovat:

  • poznámky;
  • komentáře;
  • připomínky z recenzního řízení;
  • redakční pokyny;
  • citace;
  • Návrhy umělé inteligence;
  • pokyny pro publikování;
  • sémantické klasifikace.

Anotace je uložena odděleně od textu, ke kterému se vztahuje.

6.4 Model metadat​

OMI-SPEC-140 — Model metadat definuje popisná, administrativní, technická a konzervační metadata.

Metadata mohou popisovat:

  • název;
  • jazyk;
  • autorství;
  • členství;
  • identifikátory;
  • předměty;
  • klíčová slova;
  • financování;
  • práva;
  • stav publikace;
  • původ;
  • informace týkající se konkrétních oborů.

Model metadat je navržen tak, aby byl kompatibilní se zavedenými standardy a systémy identifikátorů.

7. Úroveň pracovního postupu

7.1 Model přezkumu​

OMI-SPEC-200 — Review Model definuje strukturované pracovní postupy vzájemného hodnocení.

Vychází z modelu anotací.

Review Annotation
      │
      ├── reviewer pseudonym
      ├── review round
      ├── recommendation
      ├── visibility policy
      ├── confidential or author-facing body
      └── target anchor

Model přezkumu podporuje:

  • otevřít recenzi;
  • jedno anonymní hodnocení;
  • dvojitě anonymní recenze;
  • trojnásobně anonymní recenze;
  • důvěrné poznámky redaktora;
  • komentáře určené autorům;
  • několik kol posuzování;
  • strukturovaná doporučení;
  • zkontrolovat auditní stopy.

Identita recenzenta je oddělena od obsahu recenze, který lze přenášet.

7.2 Model spolupráce​

OMI-SPEC-210 — Collaboration Model definuje interakci více uživatelů s rukopisem.

Může podporovat:

  • autoři;
  • spoluautoři;
  • redaktoři;
  • překladatelé;
  • recenzenti;
  • korektori;
  • korektorky a korektoři;
  • technici;
  • AI asistenti.

Oprávnění ke spolupráci jsou založena na rolích a zohledňují konkrétní objekty.

7.3 Model verzí​

OMI-SPEC-220 — Model verzí popisuje vývoj rukopisu.

Version 1
    │
    ▼
Change Set
    │
    ▼
Version 2

Model by měl podporovat:

  • neměnné identifikátory verzí;
  • změny na úrovni objektů;
  • historie revizí;
  • větvení;
  • sloučení;
  • původ;
  • porovnání verzí;
  • snímky z kola hodnocení.

7.4 Model publikování​

OMI-SPEC-230 — Vydavatelský model popisuje přeměnu kanonického rukopisu na publikované výstupy.

Canonical OMI Manuscript
          │
          ▼
 Publisher Profile
          │
          ▼
 Rendering Pipeline
          │
          ├── HTML
          ├── PDF
          ├── DOCX
          ├── EPUB
          ├── JATS XML
          ├── LaTeX
          └── Future formats

Profily vydavatelů mohou definovat:

  • typografie;
  • styl citace;
  • umístění not;
  • hierarchie nadpisů;
  • geometrie stránky;
  • zpracování obrázků;
  • požadavky na metadata;
  • transformace specifické pro výstup.

Kanonický rukopis zůstává beze změn.

8. Vrstva interoperability

8.1 Architektura pluginů​

OMI-SPEC-300 — Architektura pluginů definuje mechanismy rozšiřitelnosti.

Pluginy mohou poskytovat:

  • nové typy vědeckých objektů;
  • metadata specifická pro jednotlivé obory;
  • renderery;
  • vývozci a dovozci;
  • validátoři;
  • redakční pracovní postupy;
  • integrace úložišť;
  • Služby v oblasti umělé inteligence.

Pluginy NESMÍ ohrozit přenositelnost kanonického rukopisu.

8.2 Platforma API​

OMI-SPEC-310 — Platform API definuje programovou interakci s rukopisy a vědeckými objekty na adrese OMI.

API může poskytovat následující informace:

  • vyhledávání rukopisů;
  • vytváření a úpravy objektů;
  • operace s anotacemi;
  • rozlišení kotvy;
  • ověření;
  • renderování;
  • integrace pracovních postupů;
  • import a export;
  • rozhraní pluginů.

8.3 Formát souboru​

OMI-SPEC-320 — File Format definuje přenositelnou logickou reprezentaci JSON rukopisu ve formátu OMI.

Stejný logický dokument může být přenášen jako samostatný soubor typu „.omi.json“ nebo jako část rukopisu rekonstruovaná z kontejneru typu „OMI“. Formát souboru definuje identifikaci, vyjednávání verze, analýzu, serializaci, ověřování, odkazy, rozšíření, volitelnou výměnu historie a migraci, aniž by předepisoval archivační cesty nebo kompresi.

Formát by měl upřednostňovat:

  • transparentnost;
  • ověření;
  • obnovitelnost;
  • dlouhodobé uchování;
  • nezávislost na implementaci.

8.4 Architektura kontejnerů​

OMI-SPEC-330 — Container Architecture popisuje, jak se související soubory spojují do jednoho balíčku .omi, který lze zkontrolovat.

Kontejner může obsahovat:

manuscript.omi
│
├── META-INF/
├── manuscript/
├── media/
├── profiles/
├── plugins/
└── publication/

Tento kontejner definuje vyhledávání částí, bezpečnost cest, zacházení s médii, integritu, podpisy a balení pro uchování, přičemž sémantiku rukopisu ponechává na specifikaci OMI-SPEC-320 a základních modelech.

9. Vrstva umělé inteligence

9.1 Asistence pomocí umělé inteligence​

OMI-SPEC-400 — AI Assistance popisuje, jak návrhy generované strojem interagují s vědeckými rukopisy.

Výstup umělé inteligence je prezentován jako obsah obsahující anotace nebo informace o původu.

AI Service
    │
    ▼
AI Annotation
    │
    ├── model or service identifier
    ├── creation time
    ├── operation type
    ├── confidence or rationale
    ├── target anchor
    └── human review status

Návrhy generované umělou inteligencí automaticky nenahrazují kanonický obsah.

9.2 Hodnocení umělé inteligence​

OMI– SPEC-410 — AI Review definuje strojově podporované hodnocení kvality.

Mezi možné operace patří:

  • strukturální validace;
  • kontrola citací;
  • jednotnost terminologie;
  • jazyková analýza;
  • kontrola přístupnosti;
  • ověření metadat;
  • statistická upozornění;
  • soulad s publikačním profilem.

Hodnocení pomocí umělé inteligence se stále liší od hodnocení prováděného lidskými recenzenty.

9.3 Původ​

OMI-SPEC-420 — Provenience zachycuje, jak byly vědecké objekty vytvořeny nebo změněny.

Původ může uvádět:

  • lidští přispěvatelé;
  • softwarové nástroje;
  • importní operace;
  • Systémy umělé inteligence;
  • transformační procesy;
  • publikační systémy;
  • ověřovací služby.

Provenience podporuje transparentnost, aniž by vyžadovala veřejné zveřejnění všech identifikačních údajů.

10. Aplikační vrstva

10.1 OMI Studio​

OMI Studio je referenční prostředí pro tvorbu obsahu založené na specifikacích „OMI“.

OMI Studio
│
├── Manuscript editor
├── Scholarly object inspector
├── Annotation panel
├── Notes editor
├── Review interface
├── Metadata editor
├── Publisher preview
├── Validation
├── Import
└── Export

OMI Studio jedná se o implementaci specifikací, nikoli o samotnou specifikaci.

Jiné aplikace mohou funkci „OMI“ implementovat odlišným způsobem.

10.2 Systémy vydavatelů​

Vydavatelé a platformy pro správu časopisů mohou využívat službu „OMI“ k následujícím účelům:

  • příjem podání;
  • technická validace;
  • recenze;
  • korektura;
  • výroba;
  • publikace;
  • uložení do úschovny;
  • dlouhodobé uchování.

Vydavatel může službu OMI implementovat přímo nebo ji integrovat prostřednictvím služby API či pluginu.

10.3 Externí systémy​

OMI je navržen tak, aby spolupracoval s externí vědeckou infrastrukturou.

Mezi příklady patří:

OMI
 │
 ├── OJS and journal management platforms
 ├── Institutional repositories
 ├── DOI registration services
 ├── ORCID
 ├── ROR
 ├── Crossref
 ├── DataCite
 ├── CSL
 ├── JATS
 ├── IIIF
 ├── Preservation systems
 └── Research data repositories

OMI nesnaží se tyto infrastruktury nahradit.

Poskytuje mezi nimi přenositelnou sémantickou vrstvu rukopisu.

11. Architektura identity a ochrany soukromí

Identita se zpracovává odděleně od kanonického odborného obsahu.

Portable OMI Content
│
├── actor role
├── pseudonym
├── contribution type
└── public provenance
        │
        │ protected mapping
        ▼
Institutional Identity System
├── account
├── verified identity
├── permissions
└── confidential audit data

Toto oddělení umožňuje:

  • anonymní recenze;
  • spolupráce s ochranou soukromí;
  • řízené zveřejnění identity;
  • institucionální odpovědnost;
  • přenosné záznamy o kontrolách.

Soubory s vazbami na soukromé identity by neměly být zahrnuty do přenositelných balíčků pro anonymní recenze.

12. Architektura vykreslování

Renderování převádí sémantický obsah do podoby zobrazení.

Canonical Manuscript
        │
        ▼
Semantic Validation
        │
        ▼
Target Profile
        │
        ▼
Renderer
        │
        ├── HTML
        ├── PDF
        ├── DOCX
        ├── EPUB
        ├── JATS XML
        ├── LaTeX
        └── Accessible formats

Renderer určuje:

  • typografie;
  • stránkování;
  • umístění not;
  • formátování citací;
  • rozložení obrázků;
  • zobrazení tabulky;
  • vzhled nadpisu;
  • zastupování v oblasti přístupnosti.

Překlad NESMÍ měnit sémantický význam rukopisu.

13. Příklad: životní cyklus anotace v rámci vzájemného hodnocení

Následující příklad ukazuje, jak spolu spolupracují jednotlivé vrstvy systému „OMI“.

1. A paragraph exists as a scholarly object.
                    │
                    ▼
2. An anchor identifies a sentence in the paragraph.
                    │
                    ▼
3. A reviewer creates a review annotation.
                    │
                    ▼
4. The Review Model applies anonymity and visibility rules.
                    │
                    ▼
5. The author receives an anonymized review projection.
                    │
                    ▼
6. The author revises the canonical manuscript.
                    │
                    ▼
7. The Versioning Model records the change.
                    │
                    ▼
8. The annotation is resolved or retained as provenance.

Komentář k revizi není trvale vložen do odstavce.

Zůstává nezávislým, dohledatelným vědeckým objektem.

14. Příklad: životní cyklus publikace

Authoring
    │
    ▼
Canonical OMI Manuscript
    │
    ▼
Validation
    │
    ▼
Peer Review
    │
    ▼
Revision and Versioning
    │
    ▼
Editorial Acceptance
    │
    ▼
Publisher Profile
    │
    ▼
Rendering
    │
    ├── Journal HTML
    ├── Archival PDF
    ├── JATS XML
    ├── EPUB
    └── Repository package

Všechny výstupy může generovat stejný kanonický rukopis.

Žádný výstupní formát se nestává autoritativním zdrojem.

15. Architektonické invarianty

Všechny implementace rozhraní OMI, které splňují specifikaci, BY MĚLY zachovávat následující invarianty.

15.1 Invariant kanonického obsahu​

Změny týkající se konkrétní prezentace NESMÍ měnit kanonický vědecký význam.

15.2 Invarianta stabilní identity​

Vědecký objekt BY MĚL zachovat svou identitu i při běžných editačních operacích.

15.3 Invarianta vztahu​

Sémantické vztahy BY MĚLY zůstat explicitní a strojově čitelné.

15.4 Invarianta přenositelnosti​

Rukopis MUSÍ zůstat srozumitelný i mimo software, ve kterém byl vytvořen.

15.5 Invarianta soukromí​

Důvěrné údaje o totožnosti MUSÍ zůstat oddělené od přenosného vědeckého obsahu.

15.6 Nezměnitelnost původu​

Významné automatizované i ruční úpravy by MĚLY být přiřaditelné.

15.7 Invarianta rozšiřitelnosti​

Doplňky BY MĚLY zachovat platnost a srozumitelnost původního rukopisu.

16. Architektonické hranice

OMI definuje:

  • sémantické struktury rukopisů;
  • identity vědeckých objektů;
  • kotvy;
  • poznámky;
  • zobrazení pracovních postupů;
  • interoperabilní metadata;
  • konstrukce přenosných obalů;
  • vstupy pro vykreslování;
  • mechanismy prodloužení.

OMI nestanoví:

  • jeden editor;
  • jednotná publikační platforma;
  • jedna databáze;
  • jeden programovací jazyk;
  • jedna metoda vzájemného hodnocení;
  • jeden styl citování;
  • jednotný vizuální styl;
  • jediný institucionální pracovní postup.

Implementace si mohou i nadále volně vybírat své interní technologie.

17. Souhrnná mapa

                         OMI-SPEC-000
                        Core Principles
                               │
                               ▼
                    Scholarly Object Model
                               │
                  ┌────────────┴────────────┐
                  ▼                         ▼
          Document Model              Metadata Model
                  │
                  ▼
             Anchor Model
                  │
                  ▼
           Annotation Model
                  │
      ┌───────────┼───────────┬───────────────┐
      ▼           ▼           ▼               ▼
 Review Model  Citation    AI Assistance   Publishing
      │           │           │               │
      └───────────┴───────────┴───────────────┘
                              │
                              ▼
                    Portable OMI Manuscript
                              │
                              ▼
                       OMI Implementations
                              │
          ┌───────────────────┼───────────────────┐
          ▼                   ▼                   ▼
       Studio          Publisher Systems     Repositories
                              │
                              ▼
                     Publication Renderers
                              │
            ┌─────────────────┼─────────────────┐
            ▼                 ▼                 ▼
           HTML              PDF              JATS

18. Závěr

Open Manuscript Initiativea nabízí spíše vrstvenou sémantickou architekturu než monolitický formát souboru.

Jeho ústředním abstraktním pojmem je graf vědeckých objektů:

Stable scholarly objects
        +
Explicit semantic relationships
        +
Portable metadata
        +
Traceable provenance

Na tomto grafu jsou založeny aplikace, pracovní postupy a formáty publikací.

Díky oddělení vědeckého obsahu od jeho prezentace a infrastruktury umožňuje systém OMI, aby se rukopisy mohly přenášet mezi autory, obory, vydavateli, repozitáři a budoucími technologiemi, aniž by ztratily svou intelektuální strukturu.

Pište přirozeně. Vytvořte strukturu jednou. Publikujte kdekoli.